通过成本收益分析法评估税收筹划方案的净收益，从而做出取舍单个筹划方案而最终选出最优方案的决策，是税收筹划者的基本工作方法。但是，并不是所有的筹划者都能够正确运用成本收益分析法，而误用成本收益分析法的筹划者失误的一个重要原因是他们对于筹划方案的成本和收益的认识不足，并且对于筹划方案风险缺乏足够理解。
　　税收筹划成功的概率取决于筹划风险的大小，税收筹划风险主要包括主观风险、客观风险和筹划双方认定风险。准确衡量风险才能规避风险。评价某一税收筹划方案的重要参考指标是该方案的净收益，而净收益=（收益－成本）×成功的概率。其中，收益包括税收收益、非税收益，成本包括税收成本、非税成本，而筹划方案的风险用“成功的概率”来表示。在几种方案的净收益大于筹划的机会成本的前提下，通过比较不同方案的净收益，可以选出最优方案。
　　税收收益包括企业应纳税款减少，通过应纳税款延期缴纳而相当于取得无息贷款，进而缓解暂时性的流动性不足问题等。非税收益主要包括政治利益、环境利益、规模经济利益、结构经济利益、广告经济利益等。通过增加税收，提高本企业的良好声誉，有助于增加营业收入。
　　税收成本包括时间成本、人力成本、心理成本、货币成本等。因为税收成本可以税前扣除，而税收收益（如应纳税额的减少）是免税的，所以筹划活动的税收收益率较高。非税成本是指企业因实施税务筹划所产生的连带经济行为的经济后果，主要包括代理成本、交易成本（谈判费用、协议签订费用、履约费用、信息收集费用等）、组织协调成本、隐性税收、财务报告成本、违规成本等。
　　企业对于税收优惠资产的追逐会抬高该资产的价格，从而降低其税前收益率，使其税前收益率低于非税收优惠资产的税前收益率。税收优惠资产的税前收益率和非税收优惠资产税前收益率的差额，就是税收优惠资产承担的隐性税收。违规成本往往发生在频繁进行税务筹划的企业。企业的税务筹划会减少政府的财政收入，不是政府鼓励的行为，所以企业在进行税务筹划的时候只要把握好“度”。
　　使税负最小化的组织形式和收入转移，通常会随着其他因素带来各种非税成本。例如，组织内部的收入转移可能要求更为集中化的组织结构，但是信息不对称则可能要求更为分散化的组织结构。跨期转移收入往往会导致财务报告成本上升。上市公司利益相关者对于财务报告的评价会直接给上市公司带来经济影响。上市公司较差的财务状况有利于节税，但是良好的财务状况利于企业较为容易地获得贷款，也可能增强股东信心，从而提升股价。
　　因此，有效的税收筹划策略要求税收筹划者识别和估计任何税收筹划的非税成本，并且通过有效方法降低或者避免非税成本。例如，代理成本可以通过强化管理，疏通信息传递渠道等方式来降低，组织协调成本则可以通过提倡科学管理、适度税务筹划来减少。通过选择适当的组织形式能够规避部分非税成本，例如，非上市公司就并不涉及财务报告成本。