一、公益性捐赠支出在会计处理上，公益性捐赠支出在“营业外支出”科目核算。在税务处理上，根据《企业所得税法》第九条规定，企业发生的公益救济性捐赠，在年度利润总额12％以内的部分，准予扣除。《实施条例》第五十一条规定，企业所得税法第九条所称公益性捐赠，是指企业通过公益性社会团体或者县级以上人民政府及其部门，用于《中华人民共和国公益事业捐赠法》规定的公益事业的捐赠。第五十三条规定，企业发生的公益性捐赠支出，不超过年度利润总额12%的部分，准予扣除。年度利润总额，是指企业依照国家统一会计制度的规定计算的年度会计利润。
　　1.公益性捐赠税前扣除的管理
　　界定公益性捐赠支出的关键是明确国家机关和公益性社会团体。国家机关是按照政府组织法成立的具有行政管理职能的行政机关，比较明确。实施条例对公益性社会团体界定的条件和标准进行了明确规定。《实施条例》第五十二条规定，本条例第五十一条所称公益性社会团体，是指同时符合下列条件的基金会、慈善组织等社会团体：（1）依法登记，具有法人资格；（2）以发展公益事业为宗旨，且不以营利为目的；（3）全部资产及其增值为该法人所有；（4）收益和营运结余主要用于符合该法人设立目的的事业；（5）终止后的剩余财产不归属任何个人或者营利组织；（6）不经营与其设立目的无关的业务；（7）有健全的财务会计制度；（8）捐赠者不以任何形式参与社会团体财产的分配；（9）国务院财政、税务主管部门会同国务院民政部门等登记管理部门规定的其他条件。
　　2.公益性捐赠的扣除比例规定
　　按原税收规定，内资企业发生的公益性捐赠，对教育事业、老年服务机构、青少年活动场所以及经国务院批准的中国红十字会等基金会允许全额在税前扣除，其他公益性捐赠按照应纳税所得额3％在税前扣除；外资企业的公益性捐赠允许全额在税前扣除。税法第十一条规定，企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额12%以内的部分，准予扣除。
　　3.公益性捐赠的扣除比例的基数
　　过去，无论内资企业还是外资企业，计算公益性捐赠税前扣除的基数都是应纳税所得额。新税法将公益性捐赠扣除比例的基数由应纳税所得额改为利润总额，主要原因是便于公益性捐赠扣除的计算，方便纳税人的申报。公益性捐赠支出按照应纳税所得额一定比例在税前扣除，在计算公益性捐赠支出税前扣除额时，由于公益性捐赠支出是计算应纳税所得额的组成部分，需要进行倒算，非常麻烦，容易出错，也不利于企业所得税纳税申报管理。
　　实施条例规定，年度利润总额，是指企业依照国家统一会计制度的规定计算的年度会计利润。例如，2008年，企业向符合税法优惠条件，经认定的公益性社会团体ABC基金会捐赠货币性资产和非货币性资产合计100万元，2008年，该企业按照国家统一会计制度计算的会计利润总额（利润表中利润总额）800万元。按照新的企业所得税法的规定，企业向公益性社会团体ABC基金会捐赠扣除限额为96万元（800万元×12％），企业实际捐赠数额100万元，大于扣除限额4万元（100－96），应作纳税调整增加，并入应纳税所得额征收企业所得税。
　　二、企业提取的专项基金对于特殊行业的特定资产，通常需要根据国家法律、行政法规和国际条约等规定，承担环境保护和生态恢复等义务，如核电站设施等的弃置和恢复环境义务。对于企业这部分支出，国家有明确的法律规定和要求，有专门和特定的用途，税收处理上给予一定的支持。《实施条例》第四十五条规定，企业依照法律、行政法规有关规定提取的用于环境保护、生态恢复等专项资金，准予扣除。上述专项资金提取后改变用途的，不得扣除。
　　三、企业财产保险支出在会计处理上，企业的保险费支出在“销售费用”科目核算。企业参加财产保险所发生的支出，是企业正常经营必要合理的支出，符合税前扣除的一般要求。因此，《实施条例》四十六条规定，企业参加财产保险，按照规定缴纳的保险费，准予扣除。
　　四、劳动保护支出在会计处理上，企业的劳动保护费支出在“主营业务成本”和“其他业务成本”科目核算。企业根据劳动保护法等有关法规规定，确因工作需要为雇员配备或提供工作服、手套、安全保护用品、防暑降温用品等劳保费支出，一般可以据实扣除。《实施条例》第四十八条规定，企业发生的合理的劳动保护支出，准予扣除。本地区企业劳动保护支出扣除的控制标准可根据本地区的地理环境、气候特点等因素确定。为了防止企业利用不合理的劳动保护支出避税，一般把非因工作需要和国家规定以外的带有普遍福利性质的支出，除从职工福利费用中支付的以外，一律视为工资、薪金支出。
　　五、营业机构内部往来的处理
　　在企业的经营活动中，经常发生内部提供管理服务、融通资金、调剂资产等内部往来活动。过去，内资企业基本纳税实体界定上遵循独立核算标准，将企业内部能够独立核算的营业机构或分支机构作为独立纳税人处理，为准确反映企业不同营业机构的应纳税所得额，对内部提供管理服务、融通资金、调剂资产等内部往来活动一般需要按照独立交易原则处理，分别确认应税收入和费用。
　　《实施条例》第四十九条对企业内部和管理方的业务往来作出重新规范，规定企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得扣除。主要考虑：一是企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，本身是同一法人内部的交易行为，不宜作为收入和费用体现；二是由于企业内各营业机构是一独立的纳税人，而且新税法实行法人所得税，允许同一法人的各分支机构汇总纳税。即一方作为收入，另一方作为费用，在汇总纳税时相互抵消，在税前扣除没有实际意义。
　　对企业之间支付的管理费，既有总分机构之间因总机构提供管理服务而分摊的合理管理费，也有独立法人的母子公司等集团之间提供的管理费。由于新税法采取法人所得税，对总分机构之间因总机构提供管理服务而分摊的合理管理费，通过总分机构自动汇总得到解决。对属于不同独立法人的母子公司之间，确实发生提供管理服务的管理费，应按照独立企业之间公平交易原则确定管理服务的价格，作为企业正常的劳务费用进行税务处理。实施条例规定，企业接受关联方提供的管理或其他形式的服务，按照独立交易原则支付的有关费用，准予扣除，不得再采用分摊管理费用的方式在税前扣除。